Nelle note rivolte «Al Discreto Lettore», così Galileo presenta la sua opera:

Prima cercherò di mostrare tutte l’esperienze fattibili nella Terra essere mezi insufficienti a concluder la sua mobilità, ma indifferentemente potersi adattare così alla Terra mobile, come anco quiescente; e spero, che in questo caso si paleseranno molte osservazioni ignote all’antichità. Secondariamente si esamineranno li fenomeni celesti, rinforzando l’ipotesi Copernicana, come se assolutamente dovesse rimaner vittoriosa, aggiungendo nuove speculazioni, le quali però servano per facilità d’Astronomia, non per necessità di natura. Nel terzo luogo proporrò una fantasia ingegnosa. Mi trovavo haver detto molti anni sono, che l’ignoto Problema del flusso del Mare, potrebbe ricever qualche luce, ammesso il moto terrestre.
Questo mio detto, volando per le bocche degli huomini, haveva trovato padri caritativi, che se l’adottavano per prole di proprio ingegno. Hora, perché non possa mai comparire alcuno straniero, che fortificandosi con l’armi nostre, ci rinfacci la poca avvertenza in uno accidente cosi principale, ho giudicato palesare quelle probabilità, che lo renderebbero persuasibile, dato che la Terra si movesse.

L’opera incontrò ovviamente la ferma condanna della Chiesa: se la Terra si muove e il Sole sta fermo, come si fa, tanto per fare un esempio – si chiese il Papa – a spiegare alla gente quel passo della Bibbia dove si parla del miracolo di Giosuè che ferma il Sole? Quindi le tesi esposte da Galileo sono eretiche e in quanto tali vanno condannate e con esse anche l’autore delle stesse. Fu così che Galileo si trovò condannato (22 giugno 1633) all’abiura delle sue tesi e al carcere:

Diciamo, pronunziamo sentenziamo e dichiaramo che tu, Galileo sudetto, per le cose dedotte in processo e da te confessate come sopra, ti sei reso a questo S.o Off.o veementemente sospetto d’eresia, cioè d’aver tenuto e creduto dottrina falsa e contraria alle Sacre e divine Scritture, ch’il sole sia centro della terra e che non si muova da oriente ad occidente, e che la terra si muova e non sia centro del mondo, e che si possa tener e difendere per probabile un’opinione dopo esser stata dichiarata e diffinita per contraria alla Sacra Scrittura […]; E acciocché questo tuo grave e pernicioso errore e transgressione non resti del tutto impunito, e sii più cauto nell’avvenire e essempio all’altri che si astenghino da simili delitti. Ordiniamo che per publico editto sia proibito il libro de’ Dialoghi di Galileo Galilei.
Ti condaniamo al carcere formale in questo S.o Off.o ad arbitrio nostro; e per penitenze salutari t’imponiamo che per tre anni a venire dichi una volta la settimana li sette Salmi penitenziali: riservando a noi facoltà di moderare, mutare o levar in tutto o parte, le sodette pene e penitenze.

L’opera venne quindi proibita e inserita nell’Indice il 23 agosto 1634; ciò ovviamente procurò delle perdite al tipografo Landini il quale cercò di farsi risarcire da Galileo per vie legali.

Fu solo nel 1820 che il Sant’Uffizio dette un suo parere positivo riguardo la compatibilità tra il sistema eliocentrico copernicano e la fede cattolica.
Il 10 novembre 1979 (primo centenario della nascita di Albert Einstein) Giovanni Paolo II chiese alla Pontificia Accademia delle Scienze un esame della questione “Scienza-Fede” e un riesame del “caso Galilei”: all’uopo si formò, il 3 luglio 1981, una commissione di studio.
Il 31 ottobre 1992 Giovanni Paolo II chiuse i lavori di questa Commissione ammettendo le colpe della Chiesa nell’affaire Galileo.